La flora del Kirghizistan è varia e rigogliosa grazie alle molteplici forme del paesaggio, alle diverse altitudini, all'alternanza di creste montuose e alle depressioni che si formano tra di esse, e all'isolamento locale che ne consegue. Il Kirghizistan è il luogo in cui si può incontrare un'ampia varietà di tipi di vegetazione provenienti dall'Asia centrale, dall'India e dall'Himalaya, dall'Asia settentrionale e, naturalmente, dal Tien-Shan e dall'Alai. La diversità e la ricchezza della vegetazione comprendono steppe subtropicali, foreste, praterie d'alta quota e praterie di pianura, subalpine.
Le foreste di noci e alberi da frutto si estendono per oltre 600.000 ettari e sono le più grandi foreste del mondo, dove crescono noci, mele, pere e ciliegie, ribes e lamponi. Si trovano nel sud-est del Kirghizistan, sui monti Fergana e Chatkal, a un'altitudine compresa tra 1000 e 2200 metri sul livello del mare.
Anche la fauna del Kirghizistan è estremamente diversificata, con circa 500 specie di vertebrati e oltre 3000 specie di insetti. Il territorio ospita una grande varietà di paesaggi naturali e specie europee, siberiane, centroasiatiche e dell'Asia meridionale. È possibile incontrare specie che normalmente vivono in deserti e foreste, valli e montagne, steppe e prati. In Kirghizistan si contano 60 specie di libellule, 86 specie di farfalle diurne, 86 specie di formiche, 33 specie di api e 250 specie di cicale. Nelle acque kirghise vivono 49 specie di pesci e sul territorio kirghiso 25 specie di rettili, tra cui tartarughe, lucertole e serpenti.
Gli uccelli sono rappresentati da 335 specie. In diverse aree, si possono incontrare fagiani, aironi cenerini, uccelli ciliegia, picchi tridattili, gufi reali, gabbiani argentati, fenicotteri sassello e altri uccelli. Sul lago Issyk-Kul, non ghiacciato, vanno in letargo cigni sibilanti, cigni canterini, oche grigie, pellicani rosa e ondulati. In Kirghizistan si trovano uccelli rari come il balaban, la cicogna bianca, l'aquila reale, il gipeto, l'otarda, la damigella di palude, il mangiatore di serpenti, l'aquila di mare dalla coda bianca, l'aquila delle steppe, la cicogna nera e altri.
Sul territorio del Kirghizistan vivono 83 specie di mammiferi. Nelle foreste di abeti rossi del Tien-Shan e nelle alte valli di Ak-Sai, Barley e Suusamyr si possono incontrare la pecora di montagna (arkhar), l'orso e il maral. Alcuni animali del Kirghizistan sono registrati nel Libro Rosso dell'Unione Internazionale per la Conservazione della Natura, tra cui il leopardo delle nevi, la marmotta di Mensbir, il jeiran, il lupo rosso e il varano grigio.
Per proteggere la fauna selvatica sono state create riserve naturali, parchi e riserve speciali, come le riserve di Issyk-Kul, Sarychelek e Besharal.